霧峰進南宮之源啟自木柵指南宮，清光緒十六年（1890），祖輩前人往指南宮求得孚佑帝君（呂仙祖）香火，迎回霧峰供奉。復於民國五十一年（1962），由賴繩洲先生奉呂仙祖降示，前往高雄旗山興南宮迎請孚佑帝君聖像回霧峰賴家，供善信大德參拜。迨民國五十四年遷至草湖路，暫借庭地搭建僅六坪之簡陋木屋作為行宮，同時地方人士組成臨時管理委員會，開壇濟世，宣揚道教教法，護國佑民。自開壇起，鄰近居民前來膜拜者，凡有祈願無不靈驗，進而使各方善信前來祈福者絡繹於途。惟當時壇場狹窄，無法容納眾多之善男信女，於民國五十八年（1969）三月，蒙孚佑帝君聖示，指令神乩「插劍」於今日宮址 ( 指應於霧峰山麓建宮廟)。乃積極籌備興建，至民國五十九年草建完成，未幾又感宮廟簡陋，難容日益增多之善信大德。故於民國六十年三月，復經臨時管理委員會議決新(改)建，同時邀木柵指南宮執事技術指導前來，廣大善信亦慷慨捐助，於民國六十一年六月完成一樓中殿後，再恭請木柵指南宮孚佑帝君蒞宮坐鎮，以宏揚教化。 進南宮於民國七十二年（1983），奉准成立「霧峰進南宮管理委員會」專責管理宮務外，為興辦文化教育事業，再於民國八十二年（1993）閏三月初十日，成立「財團法人霧峰進南宮仙公廟文教基金會」。進南宮環境幽美背山面市，多年來神威顯赫，香火鼎盛，是本省中部，十方善信膜拜、淨化心靈之聖地。